بررسی هم خوانی دو نوع پرایمر RT-PCR جهت تشخیص ویروس آنفلوانزای پرندگان (H9N2)

نوع مقاله: مقاله کامل

نویسندگان

1 عضو هیات علمی تمام وقت دانشگاه آزاد اسلامی واحد کرج

2 گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهر قدس، شهرقدس، ایران

3 گروه علوم درمانگاهی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد کرج، کرج، ایران

چکیده

هدف از انجام این تحقیق استفاده از دو نوع پرایمر RT-PCR برای تشخیص ویروس آنفلوانزای H9N2 پرندگان و مقایسه هم‌خوانی این دو روش نسبت به همدیگر بود تا مشخص شود کدام روش در رقت‌های متوالی تهیه شده دارای آستانه تشخیص بیشتری است. برای این منظور میزان EID50 ویروس آنفلوانزایی با استفاده از روش Reed and Muenchمشخص شد. تیتر ویروس 106 EID50 در میلی لیتر بود. از ویروس آنفلوانزای مذکور اقدام به تهیه رقت بر اساس لگاریتم دو شد و با استفاده از کیت RNA Pure ساخت شرکت سیناژن اقدام به خالص سازی ژنوم موجود در نمونه‌های رقیق شد. پس از تهیه cDNA برای تشخیص ویروس آنفلوانزا از پرایمرهای منتشر شده در مقالات Wu et al. 2008 و Spackman et al. 2002 استفاده شد. واکنش‌های RT-PCR برای تشخیص ژن ماتریکس (M) ویروس آنفلوانزای پرندگان بود که هر کدام به ترتیب قطعاتی به اندازه 131 و 100 جفت باز را تشخیص می‌دهند. همچنین برای اطمینان از اختصاصی بودن دو جفت پرایمر مذکور از نمونه ویروس‌های واکسن برونشیت H120 و ویروس واکسن نیوکاسل B1 به عنوان کنترل منفی استفاده شد. هر دو روش نسبت به تشخیص ویروس آنفلوانزا اختصاصی بودند و هیچکدام از روش‌های مذکور در مورد ویروس برونشیت و نیوکاسل باند تشکیل ندادند. روش Wu et al. 2008تا رقت 1:4096 و 168 کپی از ژنوم در میلی لیتر و روش Spackman et al. 2002 تا رقت 1:2048 و 336 کپی از ژنوم در میلی لیتر توانستند مشخص کنند. لذا پرایمرهای مربوط به روش Wu et al. 2008حساس‌تر از روش دیگر می‌باشد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Correlation Between Two RT-PCR Primers in Detection of Avian Influenza Viruses (H9N2)

نویسندگان [English]

  • Hadi Pour Taghi 1
  • Kamran Mohammad Bagher pour 2
  • Hossein Hosseini 3
1 عضو هیات علمی تمام وقت دانشگاه آزاد اسلامی واحد کرج
2 Department of Microbiology, College of basic sciences, Shahre Qods branch of Islamic Azad University, Shahre Qods, Iran
3 Department of Clinical Science, College of veterinary medicine, Karaj branch of Islamic Azad University, Karaj, Iran
چکیده [English]

The goal of current study was comparison of two RT-PCR primers in detection of H9N2 influenza viruses. We compare correlation between two methods to determine which method in serial dilution can detect more samples. First EID50 of an avian influenza virus was calculated by Reed-Muench method. The titer of virus was 106 EID50/ml. Then, we prepare two fold serial dilution of virus. Then, genome was extracted by RNA Pure kit (Cinna-Gene, Iran). Two separate one step RT-PCR methods were used to detection of avian influenza virus (Wu et al. 2008 and Spackman et al. 2002). Target gene of both methods was matrix (M) gene. Product size that produced by both methods were 131 bp and 100 bp respectively. To ensure about specifity of two RT-PCR primers, we used H120 vaccine and B1 vaccine as negative control. Both methods were specific to avian influenza virus and none of them did not produce any amplicons when used other respiratory disease as template. The Wu et al, 2008 primers was able to detect avian influenza virus to 1:4096 and 168 copy number/ml but, Spackman et al, 2000 primers was only able to detect 1:2048 and 336 copy number/ml. So, the Wu et al, 2008 primers was more sensitive method in detection of avian influenza viruses.

کلیدواژه‌ها [English]

  • avian influenza virus
  • H9N2
  • Correlation